L’absence de méthodes validées pour l’analyse du virome à haut débit, a longtemps été un obstacle à la compréhension du virome de l’intestin humain.
Pour cette raison, il est crucial d’étudier et de connaître l’impact de chaque étape intermédiaire menant au résultat de l’analyse du virome. Dans un récent article, un groupe de chercheurs a utilisé un échantillon référence synthétique représentatif de la communauté des viromes (« mock-virome » : contenant 9 virus, dont le coronavirus), afin d’évaluer l’impact de la préparation de l’échantillonsur leur étude par analyse qPCR et NGS.
Un protocole optimisé baptisé NetoVIR (Nouvelle technique d’enrichissement des VIRomes), utilisant l’homogénéisateur Minilys, a fourni une approche standardisée de l’étape d’homogénéisation. Ce protocole permet une approche prometteuse pour garantir des études en métagénomique virale non biaisées et reproductibles sur des échantillons fécaux.
