Le profilage des microbiomes avec les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) est en passe de modifier rapidement le paysage de la microbiologie. Toutefois, afin de garantir des mesures précises des microbiomes, il est essentiel d’assurer un flux de travail du microbiome non biaisé et soutenu. Il a par exemple été démontré qu’une analyse biaisée des microbiomes peut être introduite à chaque étape (y compris lors de l’extraction de l’ADN), si les cellules microbiennes ne sont pas lysées complètement et uniformément. La lyse mécanique des cellules à l’aide de billes de différentes compositions est une méthode communément acceptée pour lyser différents microbes. Bien qu’une grande variété d’appareils et d’instruments de lyse mécanique soient disponibles, leurs performances varient grandement. Jusqu’à il y a peu de temps, aucun moyen pratique n’existait afin d’évaluer l’efficacité de la lyse offerte par un instrument particulier. Cela est désormais possible, grâce au “Microbial Community Standard” de ZymoBIOMICS™ (Zymo Research Corp., Irvine, Californie). La Communauté Microbienne ZymoBIOMICS™ est une communauté microbienne fictive standard composée de dix organismes bien connus (par exemple les bactéries à 5 Gram positifs, à 3 Gram négatifs ou à 2 levures), qui sont mélangés selon des proportions définies. Ce standard contient des microbes de récalcitrances cellulaires et de tailles cellulaires différentes, ce qui le rend idéal pour évaluer l’efficacité de la lyse cellulaire. Dans le cadre de cette étude, l’efficacité de la lyse microbienne avec le “Microbial Community Standard” de ZymoBIOMICS™ a été évaluée grâce à l’homogénéisateur de tissus Precellys® Evolution, associé à l’unité de refroidissement Cryolys® Evolution (Bertin Instruments).
L’homogénéisateur de tissus Precellys® Evolution peut réaliser une lyse cellulaire complète et non biaisée en seulement une minute, comme évaluée à l’aide du “Microbial Community Standard” de ZymoBIOMICS™, en association avec le “DNA Miniprep Kit” de ZymoBIOMICS™. Le flux de travail optimisé de la lyse microbienne mentionné ici sert de procédure validée pour les mesures des microbiomes réalisées en aval.
